تختص وحدة التدقيق الداخلي بما يلي:
- وضع مشروع خطة التدقيق السنوية على الوحدات الإدارية بالجهاز، ورفعها للرئيس لاعتمادها، وإعداد تقارير بنتائج التدقيق.
- مراقبة مدى الالتزام بتنفيذ القوانين واللوائح والقرارات المتعلقة بأنشطة الجهاز.
- مراقبة المستندات المالية من سندات قبض وسندات صرف وسندات قيد وغيرها بعد الصرف.
- مراجعة التعليمات المالية ، واقتراح ما يلزم لها من تعديلات، ومراقبة تنفيذها.
- مراقبة إجراءات تعيين الموظفين ، وإجازاتهم ، وترقياتهم ، وغير ذلك مما يتعلق بشؤون الموظفين ، والتحقق من الالتزام بالقوانين واللوائح والقرارات المنظمة لذلك .
- التأكد من سلامة الأموال والعهد والأثاث والأدوات والمباني والموجودات الأخرى التي يملكها الجهاز أو تخضع لإشرافه.
- الاشتراك في جرد محتويات المخازن والعهد الأخرى.
